Repositorio
Institucional

Sidransky, D.

Guerrero-Preston, R.

Soudry, E.

Acero, J.

Orera, M.

Moreno-Lopez, L.

Macia-Colon, G.

Jaffe, A.

Berdasco, M.

Ili-Gangas, C.

Brebi-Mieville, P.

Fu, Y.

Engstrom, C.

Irizarry, R. A.

Esteller, M.

Westra, W.

Koch, W.

Califano, J.

NID2 and HOXA9 Promoter Hypermethylation as Biomarkers for Prevention and Early Detection in Oral Cavity Squamous Cell Carcinoma Tissues and Saliva

AMER ASSOC CANCER RESEARCH

CANCER PREVENTION RESEARCH

en

Differentially methylated oral squamous cell carcinoma (OSCC) biomarkers, identified in vitro and validated in well-characterized surgical specimens, have shown poor clinical correlation in cohorts with different risk profiles. To overcome this lack of relevance, we used the HumanMethylation27 BeadChip, publicly available methylation and expression array data, and quantitative methylation specific PCR to uncover differential methylation in OSCC clinical samples with heterogeneous risk profiles. A two stage design consisting of discovery and prevalence screens was used to identify differential promoter methylation and deregulated pathways in patients diagnosed with OSCC and head and neck squamous cell carcinoma. Promoter methylation of KIF1A (kappa = 0.64), HOXA9 (kappa = 0.60), NID2 (kappa = 0.60), and EDNRB (kappa = 0.60) had a moderate to substantial agreement with clinical diagnosis in the discovery screen. HOXA9 had 68% sensitivity, 100% specificity, and a 0.81 Area Under the Curve (AUC). NID2 had 71% sensitivity, 100% specificity, and a 0.79 AUC. In the prevalence screen, HOXA9 (kappa = 0.82) and NID2 (kappa = 0.80) had an almost perfect agreement with histologic diagnosis. HOXA9 had 85% sensitivity, 97% specificity, and a 0.95 AUC. NID2 had 87% sensitivity, 95% specificity, and a 0.91 AUC. A HOXA9 and NID2 gene panel had 94% sensitivity, 97% specificity, and a 0.97 AUC. In saliva, from OSCC cases and controls, HOXA9 had 75% sensitivity, 53% specificity, and a 0.75 AUC. NID2 had 87% sensitivity, 21% specificity, and a 0.73 AUC. This phase I Biomarker Development Trial identified a panel of differentially methylated genes in normal and OSCC clinical samples from patients with heterogeneous risk profiles. This panel may be useful for early detection and cancer prevention studies. Cancer Prev Res; 4(7); 1061-72. (C)2011 AACR.#Los biomarcadores de carcinoma de células escamosas orales (CCEO) diferencialmente metilados, identificados in vitro y validados en especímenes quirúrgicos bien caracterizados, han mostrado una baja correlación clínica en cohortes con diferentes perfiles de riesgo. Para superar esta falta de relevancia, utilizamos el HumanMethylation27 BeadChip, datos de matrices de metilación y expresión disponibles públicamente y PCR cuantitativa específica de metilación para descubrir la metilación diferencial en muestras clínicas de CCEO con perfiles de riesgo heterogéneos. Se utilizó un diseño de dos etapas que consistía en cribados de descubrimiento y prevalencia para identificar la metilación diferencial del promotor y las vías desreguladas en pacientes diagnosticados con CCEO y carcinoma de células escamosas de cabeza y cuello. La metilación del promotor de KIF1A (kappa = 0,64), HOXA9 (kappa = 0,60), NID2 (kappa = 0,60) y EDNRB (kappa = 0,60) tuvo una concordancia de moderada a sustancial con el diagnóstico clínico en el cribado de descubrimiento. HOXA9 tuvo una sensibilidad del 68%, una especificidad del 100% y un área bajo la curva (AUC) de 0,81. NID2 tuvo una sensibilidad del 71%, una especificidad del 100% y un AUC de 0,79. En el cribado de prevalencia, HOXA9 (kappa = 0,82) y NID2 (kappa = 0,80) tuvieron una concordancia casi perfecta con el diagnóstico histológico. HOXA9 tuvo una sensibilidad del 85%, una especificidad del 97% y un AUC de 0,95. NID2 tuvo una sensibilidad del 87%, una especificidad del 95% y un AUC de 0,91. Un panel de genes HOXA9 y NID2 tuvo una sensibilidad del 94%, una especificidad del 97% y un AUC de 0,97. En la saliva, de casos de OSCC y controles, HOXA9 tuvo una sensibilidad del 75%, una especificidad del 53% y un AUC de 0,75. NID2 presentó una sensibilidad del 87 %, una especificidad del 21 % y un AUC de 0,73. Este ensayo clínico de fase I para el desarrollo de biomarcadores identificó un panel de genes diferencialmente metilados en muestras clínicas normales y de carcinoma de células escamosas orales (OSCC) de pacientes con perfiles de riesgo heterogéneos. Este panel podría ser útil para la detección temprana y los estudios de prevención del cáncer. Cancer Prev Res; 4(7); 1061-72. ©2011 AACR.

artículo original

This research was supported in part by the following grant awards: National Cancer Institute (NCI) Early Detection Research Network grant U01 CA84986

an NCI Supplement to Promote Diversity Award to U01 CA84986

a National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIDCR) and NIH Specialized Program of Research Excellence grant (SPORE) P50DE019032

NIDCR grant RC2 DE20957

NCI grant 5T32CA009529-20

and National Center on Minority Health and Health Disparities (NCMHD) grant number 5S21MD008130-02. The funding agencies had no role in the design of the study, data collection or analysis, the interpretation of the results, the preparation of the manuscript, or the decision to submit the manuscript for publication. E. Soudry is recipient of a fellowship grant from the American Physicians Fellowship for Medicine in Israel.

Esta investigación fue financiada en parte por las siguientes subvenciones: la subvención U01 CA84986 de la Red de Investigación para la Detección Temprana del Instituto Nacional del Cáncer (NCI)

un premio suplementario del NCI para promover la diversidad (U01 CA84986)

una subvención P50DE019032 del Instituto Nacional de Investigación Dental y Craneofacial (NIDCR) y del Programa Especializado de Excelencia en Investigación (SPORE) de los NIH

la subvención RC2 DE20957 del NIDCR

la subvención 5T32CA009529-20 del NCI

y la subvención número 5S21MD008130-02 del Centro Nacional de Salud de las Minorías y Disparidades en Salud (NCMHD). Las agencias financiadoras no participaron en el diseño del estudio, la recopilación o el análisis de datos, la interpretación de los resultados, la preparación del manuscrito ni la decisión de enviarlo para su publicación. E. Soudry es beneficiario de una beca de la American Physicians Fellowship for Medicine in Israel.

10.1158/1940-6207.CAPR-11-0006

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neck-cancer

alcohol-consumption

oropharyngeal cancer

gene methylation

dna methylation

head

risk

epidemiology

epigenetics

addiction

cáncer de cuello

consumo de alcohol

cáncer orofaríngeo

metilación genética

metilación del ADN

cabeza

riesgo

epidemiología

epigenética

adicción

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Oncología#Odontología, Cirugía y Medicina Oral

NID2 and HOXA9 Promoter Hypermethylation as Biomarkers for Prevention and Early Detection in Oral Cavity Squamous Cell Carcinoma Tissues and Saliva

CANCER PREVENTION RESEARCH

hibrida

verde

acceso abierto

acceso abierto

PMID 21558411

en

artículo original

versión publicada

National Cancer Institute (NCI) Early Detection Research Network U01 CA84986

NCI U01 CA84986#NCI 5T32CA009529-20

National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIDCR) RC2 DE20957

NIH P50DE019032

National Center on Minority Health and Health Disparities (NCMHD) 5S21MD008130-02

American Physicians Fellowship for Medicine in Israel

National Cancer Institute (NCI) Early Detection Research Network U01 CA84986

NCI U01 CA84986

NCI 5T32CA009529-20

National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIDCR) RC2 DE20957

NIH P50DE019032

National Center on Minority Health and Health Disparities (NCMHD) 5S21MD008130-02

American Physicians Fellowship for Medicine in Israel

AMER ASSOC CANCER RESEARCH

1940-6207

1061

1072

Oncology

Oncología

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WOS:000292449200014