Repositorio UFRO · Omeka S

Simple and robust DNA extraction method for the large-scale analysis of genotypes containing high polyphenolic content, such as landraces of Solanum tuberosum and Zea mays

Primer Autor	Barra, Macarena
Co-autores	Salazar, Erika Beltran, Maria Sagredo, Boris
Título	Simple and robust DNA extraction method for the large-scale analysis of genotypes containing high polyphenolic content, such as landraces of Solanum tuberosum and Zea mays
Editorial	PONTIFICIA UNIV CATOLICA CHILE, FAC AGRONOMIA INGENIERIA FORESTAL
Revista	CIENCIA E INVESTIGACION AGRARIA
Lenguaje	en
Resumen	M. Barra, E. Salazar, M. Beltran, and B. Sagredo. 2012. Simple and robust DNA extraction method for the large-scale analysis of genotypes containing high polyphenolic content, such as landraces of Solanum tuberosum and Zea mays. Cien Inv. Agr. 39(3): 593-601. The extraction of high-quality DNA is essential for studies conducted at the molecular level in species with an abundance of contaminants in their tissues, such as some landraces of potato and maize, in which it is difficult to extract good-quality genomic DNA. Compounds such as polyphenols interfere with the amplification of DNA during polymerase chain reaction (PCR), which makes it difficult to conduct PCR-based studies of molecular markers. This article describes a simple and robust protocol for DNA isolation that was applied to potato and maize landraces and resulted in a high DNA concentration with excellent purity and quality. This method is based on the method of Krizman et al. (2006) with some modifications and was tested on potato leaves and young maize leaves. The protocol was compared with one commercial DNA extraction kit and three methods that were previously described for plant DNA extraction: Keb-Llanes et al. (2002), for plants with high polyphenolic content; Fulton et al. (1995), which was developed for Solanaceae and other herbaceous plants; and the original Krizman et al. (2006) cetyltrimethylammonium bromide (CTAB)-activated charcoal method. The method proposed is suitable for isolating DNA from potato and maize genotypes with high polyphenol contents, yielding high-quality DNA that can be utilized for molecular techniques that involve PCR, cutting with restriction enzymes and other applications. The method is short, similar to a commercial kit, but cheaper. The amount of DNA extracted from maize using our method is superior compared with other published methods tested in this article.#M. Barra, E. Salazar, M. Beltran y B. Sagredo. 2012. Método de extracción de ADN simple y robusto para el análisis a gran escala de genotipos que contienen alto contenido polifenólico, como las variedades locales de Solanum tuberosum y Zea mays. Cien Inv. Agr. 39(3): 593-601. La extracción de ADN de alta calidad es esencial para los estudios realizados a nivel molecular en especies con abundancia de contaminantes en sus tejidos, como algunas variedades locales de papa y maíz, en las que es difícil extraer ADN genómico de buena calidad. Compuestos como los polifenoles interfieren con la amplificación del ADN durante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), lo que dificulta la realización de estudios basados en PCR de marcadores moleculares. Este artículo describe un protocolo simple y robusto para el aislamiento de ADN que se aplicó a variedades locales de papa y maíz y resultó en una alta concentración de ADN con excelente pureza y calidad. Este método se basa en el método de Krizman et al. (2006) con algunas modificaciones y se probó en hojas de papa y hojas jóvenes de maíz. El protocolo se comparó con un kit comercial de extracción de ADN y tres métodos previamente descritos para la extracción de ADN vegetal: Keb-Llanes et al. (2002), para plantas con alto contenido de polifenoles; Fulton et al. (1995), desarrollado para Solanáceas y otras plantas herbáceas; y el método original de Krizman et al. (2006) con bromuro de cetiltrimetilamonio (CTAB) y carbón activado. El método propuesto es adecuado para aislar ADN de genotipos de papa y maíz con alto contenido de polifenoles, produciendo ADN de alta calidad que puede utilizarse para técnicas moleculares que incluyen PCR, corte con enzimas de restricción y otras aplicaciones. El método es corto, similar a un kit comercial, pero más económico. La cantidad de ADN extraído del maíz utilizando nuestro método es superior en comparación con otros métodos publicados probados en este artículo.
Tipo de Recurso	Artículo original
doi	10.4067/S0718-16202012000300019
Formato Recurso	pdf
Palabras Claves	Carbón activado extracción de ADN ADN genómico polifenoles Activated charcoal DNA extraction genomic DNA polyphenols METABOLITOS SECUNDARIOS PLANTAS PROTOCOLO TEJIDO PAPA SECONDARY METABOLITES PLANTS PROTOCOL TISSUE POTATO
Ubicación del archivo	http://dx.doi.org/10.4067/S0718-16202012000300019
Materias	Carbón activado extracción de ADN ADN genómico polifenoles Activated charcoal DNA extraction genomic DNA polyphenols METABOLITOS SECUNDARIOS PLANTAS PROTOCOLO TEJIDO PAPA SECONDARY METABOLITES PLANTS PROTOCOL TISSUE POTATO
Disciplinas de la OCDE	Biología Molecular Biotecnología agrícola Agronomía
Título de la cita (Recomendado-único)	Simple and robust DNA extraction method for the large-scale analysis of genotypes containing high polyphenolic content, such as landraces of Solanum tuberosum and Zea mays
Revista/Libro	CIENCIA E INVESTIGACION AGRARIA
Editorial	PONTIFICIA UNIV CATOLICA CHILE, FAC AGRONOMIA INGENIERIA FORESTAL
Tipo de ruta	diamante verde
Access Rights	acceso abierto
Derechos de acceso	acceso abierto
License	CC BY NC 4.0
Idioma	en
Identificador del recurso (Mandatado-único)	Artículo original
Versión del recurso (Recomendado-único)	versión publicada
ISSN	0718-1620
Página de inicio (Recomendado-único)	593
Página final (Recomendado-único)	601
Categoría WOS	Agriculture, Multidisciplinary Agricultura, Multidisciplinaria
Formato	pdf
Id de Web of Science	WOS:000313400900019
Condición de la licencia (Recomendado-repetible)	CC BY NC 4.0