Repositorio UFRO · Omeka S

Characterization of Genetic Diversity of Stone Fruit Rootstocks Used in Chile by Means of Microsatellite Markers

Primer Autor	Sagredo, Boris
Co-autores	Arismendi, Maria Jose Hinrichsen, Patricio Almada, Ruben Pimentel, Paula Pinto, Manuel
Título	Characterization of Genetic Diversity of Stone Fruit Rootstocks Used in Chile by Means of Microsatellite Markers
Editorial	AMER SOC HORTICULTURAL SCIENCE
Revista	JOURNAL OF THE AMERICAN SOCIETY FOR HORTICULTURAL SCIENCE
Lenguaje	en
Resumen	Stone fruit (Prunus L.) production in Chile covers approximate to 43,000 ha and includes a wide variety of soils and climates requiring a large diversity of rootstocks. The most commercially important rootstock cultivars are 26 genotypes from three different taxonomic groups belonging to the subgenera Amygdalus (L.) Benth. Hook. (peach group), Prunus Focke [= Prunophora (Neck.)] Focke (plum group), and Cerasus (Adans.) Focke (cherry group) with eight, seven, and 10 individuals, respectively. To determine their genetic diversity, characterization by microsatellite markers [simple sequence repeat (SSR)] was conducted. Of a total of 20 SSR markers evaluated, 12 generated amplified products that were consistent in the three taxonomic groups. The number of alleles per marker ranged from 18 for PSM-3 to four in CPPCT-002. Clustering analysis, by both traditional hierarchical and model-based approaches, indicate that all genotypes are clustered in their respective taxonomic groups, including the interspecific hybrids. Genetic diversity, measured as the average distances (expected heterozygosity) between individuals in the same cluster, was higher in Cerasus (0.78) followed by Prunus (0.72) and Amygdalus (0.64). Total number of alleles observed was 133, of which 14, 33, and 35 from six, 10, and 10 loci were unique for the peach, plum, and cherry rootstock groups, respectively. Alleles shared among peach/plum, plum/cherry, and peach/cherry rootstock genotypes were 13, 14, and 18 from nine, seven, and seven loci, respectively. Only six alleles from five loci were common to the three taxonomic groups. In addition, to develop a rootstock identification system based on SSR markers, a minimum set of three markers (PMS-3, BPPCT-037, and BPPCT-036) able to differentiate the 26 genotypes was identified. This study is the first step toward establishing a stone fruit rootstock breeding program in Chile.#La producción de frutales de hueso (Prunus L.) en Chile abarca aproximadamente 43 000 ha e incluye una amplia variedad de suelos y climas que requieren una gran diversidad de portainjertos. Los cultivares de portainjertos más importantes comercialmente son 26 genotipos de tres grupos taxonómicos diferentes pertenecientes a los subgéneros Amygdalus (L.) Benth. Hook. (grupo del durazno), Prunus Focke [= Prunophora (Neck.)] Focke (grupo del ciruelo) y Cerasus (Adans.) Focke (grupo del cerezo) con ocho, siete y 10 individuos, respectivamente. Para determinar su diversidad genética, se realizó la caracterización mediante marcadores microsatélite [repeticiones de secuencias simples (SSR)]. De un total de 20 marcadores SSR evaluados, 12 generaron productos amplificados que fueron consistentes en los tres grupos taxonómicos. El número de alelos por marcador varió de 18 para PSM-3 a cuatro en CPPCT-002. El análisis de agrupamiento, mediante enfoques jerárquicos tradicionales y basados en modelos, indica que todos los genotipos se agrupan en sus respectivos grupos taxonómicos, incluidos los híbridos interespecíficos. La diversidad genética, medida como las distancias promedio (heterocigosidad esperada) entre individuos del mismo grupo, fue mayor en Cerasus (0,78), seguida de Prunus (0,72) y Amygdalus (0,64). El número total de alelos observados fue de 133, de los cuales 14, 33 y 35 de seis, 10 y 10 loci fueron únicos para los grupos de portainjertos de melocotón, ciruelo y cerezo, respectivamente. Los alelos compartidos entre los genotipos de portainjertos de melocotón/ciruelo, ciruelo/cerezo y melocotón/cerezo fueron 13, 14 y 18 de nueve, siete y siete loci, respectivamente. Solo seis alelos de cinco loci fueron comunes a los tres grupos taxonómicos. Además, para desarrollar un sistema de identificación de portainjertos basado en marcadores SSR, se identificó un conjunto mínimo de tres marcadores (PMS-3, BPPCT-037 y BPPCT-036) capaces de diferenciar los 26 genotipos. Este estudio representa el primer paso hacia el establecimiento de un programa de mejoramiento genético de portainjertos de frutales de hueso en Chile.
Tipo de Recurso	Artículo original
Description	This work was funded by grants from CEAF_R08I1001 and CONICYT and partially funded by grant FONDEF D04I-1060.We acknowledge the CONICYT scholarships "Doctorado en Chile 2008 (21080351)" and "Apoyo para la Realizacion de Tesis Doctoral 2010 (24100126)," both to M.J. Arismendi. This article is part of M.J. Arismendi's doctoral degree dissertation from the Universidad de La Frontera, Temuco, Chile. We also thank Maria Herminia Castro from INIA La Platina for her assistance in developing this study. Este trabajo fue financiado por subvenciones de CEAF_R08I1001 y CONICYT, y parcialmente por la subvención FONDEF D04I-1060. Agradecemos las becas de CONICYT "Doctorado en Chile 2008 (21080351)" y "Apoyo para la Realización de Tesis Doctoral 2010 (24100126)", ambas otorgadas a M.J. Arismendi. Este artículo forma parte de la tesis doctoral de M.J. Arismendi por la Universidad de La Frontera, Temuco, Chile. Asimismo, agradecemos a María Herminia Castro del INIA La Platina por su colaboración en el desarrollo de este estudio.
doi	10.21273/JASHS.137.5.302
Formato Recurso	pdf
Palabras Claves	Prunus SSR relaciones genéticas huella genética Prunus SSR genetic relationships DNA fingerprinting DATOS DE GENOTIPOS MULTILOCUS PRUNUS PERSICA L. RELACIONES FILOGENÉTICAS CARACTERIZACIÓN MOLECULAR MARCADORES SSR MELOCOTÓN IDENTIFICACIÓN CULTIVARES GERMPLASMA INFERENCIA MULTILOCUS GENOTYPE DATA PRUNUS-PERSICA L. PHYLOGENETIC-RELATIONSHIPS MOLECULAR CHARACTERIZATION SSR MARKERS PEACH IDENTIFICATION CULTIVARS GERMPLASM INFERENCE
Ubicación del archivo	http://dx.doi.org/10.21273/JASHS.137.5.302
Materias	Prunus SSR relaciones genéticas huella genética Prunus SSR genetic relationships DNA fingerprinting DATOS DE GENOTIPOS MULTILOCUS PRUNUS PERSICA L. RELACIONES FILOGENÉTICAS CARACTERIZACIÓN MOLECULAR MARCADORES SSR MELOCOTÓN IDENTIFICACIÓN CULTIVARES GERMPLASMA INFERENCIA MULTILOCUS GENOTYPE DATA PRUNUS-PERSICA L. PHYLOGENETIC-RELATIONSHIPS MOLECULAR CHARACTERIZATION SSR MARKERS PEACH IDENTIFICATION CULTIVARS GERMPLASM INFERENCE
Título de la cita (Recomendado-único)	Characterization of Genetic Diversity of Stone Fruit Rootstocks Used in Chile by Means of Microsatellite Markers
Revista/Libro	JOURNAL OF THE AMERICAN SOCIETY FOR HORTICULTURAL SCIENCE
Editorial	AMER SOC HORTICULTURAL SCIENCE
Tipo de ruta	suscripción#verde
Access Rights	acceso abierto
Derechos de acceso	acceso abierto
Idioma	en
Identificador del recurso (Mandatado-único)	Artículo original
Versión del recurso (Recomendado-único)	versión publicada
Referencia del Financiador (Mandatado si es aplicable-repetible)	ANID CONICYT 21080351#ANID CONICYT FONDECYT 24100126#CEAF_R08I1001#ANID CONICYT FONDEF D04I-1060
ISSN	0003-1062
Página de inicio (Recomendado-único)	302
Página final (Recomendado-único)	310
Categoría WOS	Horticulture Horticultura
Formato	pdf
Id de Web of Science	WOS:000309024600005