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Helicobacter pylori vacA s1a and s1b alleles from clinical isolates from different regions of Chile show a distinct geographic distribution

BAISHIDENG PUBLISHING GROUP INC

WORLD JOURNAL OF GASTROENTEROLOGY

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AIM: To establish the most common vacA alleles in Helicobacter pylori (H pylori) strains isolated from Chilean patients and its relationship with gastritis and gastroduodenal ulcers. METHODS: Two hundred and forty five H pylori clinical isolates were obtained from 79 biopsies from Chilean infected patients suffering gastrointestinal diseases. An average of 2-3 strains per patient was isolated and the vacA genotype was analyzed by PCR and 3% agarose electrophoresis. Some genotypes were checked by DNA sequencing. RESULTS: The most prevalent vacA genotype in Chilean patients was s1b m1 (76%), followed by s1a m1 (21%). In contrast, the s2 m2 genotype was scarcely represented (3%). The s1b m1 genotype was found most frequently linked to gastropathies (P < 0.05) rather than ulcers. Ulcers were found more commonly in male and older patients. Curiously, patients living in cities located North and far South of Santiago, the capital and largest Chilean city, carried almost exclusively strains with the s1b m1 genotype. In contrast, patients from Santiago and cities located South of Santiago carried strains with either one or both s1a m1 and s1b m1 genotypes. Regarding the s2 m2 genotype, comparison with Genbank sequences revealed that Chilean s2 sequence was identical to those of Australian, American and Colombian strains but quite different from those of Alaska and India. CONCLUSION: Differences in geographic distribution of the s and m vacA alleles in Chile and a relationship of s1b m1 genotype with gastritis were found. Sequence data in part support a hispanic origin for the vacA genoytype. Asymetric distribution of genotypes s1b m1 and s2 m2 remedes H Pylori strain distribution in Spain and Portugal. (C) 2005 The WJG Press and Elsevier Inc. All rights reserved.

OBJETIVO: Establecer los alelos vacA más comunes en cepas de Helicobacter pylori (H. pylori) aisladas de pacientes chilenos y su relación con gastritis y úlceras gastroduodenales. MÉTODOS: Se obtuvieron doscientos cuarenta y cinco aislamientos clínicos de H. pylori de 79 biopsias de pacientes chilenos infectados que padecían enfermedades gastrointestinales. Se aisló un promedio de 2-3 cepas por paciente y se analizó el genotipo vacA mediante PCR y electroforesis en gel de agarosa al 3%. Algunos genotipos se verificaron mediante secuenciación de ADN. RESULTADOS: El genotipo vacA más prevalente en pacientes chilenos fue s1b m1 (76%), seguido de s1a m1 (21%). En contraste, el genotipo s2 m2 estuvo escasamente representado (3%). El genotipo s1b m1 se encontró más frecuentemente vinculado a gastropatías (P < 0,05) que a úlceras. Las úlceras se encontraron más comúnmente en pacientes varones y de mayor edad. Curiosamente, los pacientes que vivían en ciudades ubicadas al norte y al sur de Santiago, la capital y ciudad más grande de Chile, portaban casi exclusivamente cepas con el genotipo s1b m1. En contraste, los pacientes de Santiago y ciudades ubicadas al sur de Santiago portaban cepas con uno o ambos genotipos s1a m1 y s1b m1. Con respecto al genotipo s2 m2, la comparación con secuencias de GenBank reveló que la secuencia s2 chilena era idéntica a las de cepas australianas, americanas y colombianas, pero bastante diferente de las de Alaska e India. CONCLUSIÓN: Se encontraron diferencias en la distribución geográfica de los alelos s y m vacA en Chile y una relación del genotipo s1b m1 con la gastritis. Los datos de secuencia apoyan parcialmente un origen hispano para el genotipo vacA. La distribución asimétrica de los genotipos s1b m1 y s2 m2 remedia la distribución de cepas de H. pylori en España y Portugal. © 2005 The WJG Press y Elsevier Inc. Todos los derechos reservados.

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Supported by FONDECYT, Comision Nacional Cientifica y Tecnologica, Chile No. 1000730 No. 1030894 and No. 1000734 from and NIH No. DK54495

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10.3748/wjg.v11.i40.6366

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H. pylori

alelos vacA

aislados chilenos

secuencias s1

s2

m1 y m2

Gastroenterology & Hepatology

H. pylori

alelos vacA

aislados chilenos

secuencias s1

s2

m1 y m2

Enfermedades Infecciosas

Microbiología

Genética Humana

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WOS:000208318000019

Helicobacter pylori vacA s1a and s1b alleles from clinical isolates from different regions of Chile show a distinct geographic distribution

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Gastroenterology & Hepatology

Gastroenterología y Hepatología

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1007-9327

WORLD JOURNAL OF GASTROENTEROLOGY

PMID:16419167

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