Repositorio UFRO · Omeka S

Genome Mining of Pseudarthrobacter sp. So.54, a Rhizospheric Bacteria from Colobanthus quitensis Antarctic Plant

Primer Autor	Nunez-Montero, Kattia
Título	Genome Mining of Pseudarthrobacter sp. So.54, a Rhizospheric Bacteria from Colobanthus quitensis Antarctic Plant
Editorial	MDPI
Revista	BIOMOLECULES
Lenguaje	en
Resumen	Antarctic microorganisms have genomic characteristics and biological functions to ensure survival in complex habitats, potentially representing bioactive compounds of biotechnological interest. Pseudarthrobacter sp. So.54 is an Antarctic bacteria strain isolated from the rhizospheric soil of Colobanthus quitensis. Our work aimed to study its genomic characteristics and metabolic potential, linked to environmental adaptation and the production of secondary metabolites with possible biotechnological applications. Whole-genome sequencing, assembly, phylogenetic analysis, functional annotation, and genomic islands prediction were performed to determine the taxonomic affiliation and differential characteristics of the strain So.54. Additionally, Biosynthetic Gene Clusters (BGCs) responsible for secondary metabolites production were identified. The assembled genome of strain So.54 has 3,871,805 bp with 66.0% G + C content. Phylogenetic analysis confirmed that strain So.54 belongs to the Pseudarthrobacter genus nevertheless, its nucleotide and amino acid identity values were below the species threshold. The main metabolic pathways and 64 genomic islands associated with stress defense and environmental adaptation, such as heavy metal resistance genes, were identified. AntiSMASH analysis predicted six BGCs with low or no similarity to known clusters, suggesting potential as novel natural products. These findings indicate that strain So.54 could be a novel Pseudarthrobacter species with significant environmental adaptation and biotechnological potential.Los microorganismos antárticos poseen características genómicas y funciones biológicas que aseguran la supervivencia en hábitats complejos, representando potencialmente compuestos bioactivos de interés biotecnológico. Pseudarthrobacter sp. So.54 es una cepa bacteriana antártica aislada del suelo rizosférico de Colobanthus quitensis. Nuestro trabajo tuvo como objetivo estudiar sus características genómicas y potencial metabólico, vinculado a la adaptación ambiental y la producción de metabolitos secundarios con posibles aplicaciones biotecnológicas. Se realizó secuenciación del genoma completo, ensamblaje, análisis filogenético, anotación funcional y predicción de islas genómicas para determinar la afiliación taxonómica y las características diferenciales de la cepa So.54. Adicionalmente, se identificaron clústeres de genes biosintéticos (BGC) responsables de la producción de metabolitos secundarios. El genoma ensamblado de la cepa So.54 tiene 3,871,805 pb con un contenido de G + C del 66.0%. El análisis filogenético confirmó que la cepa So.54 pertenece al género Pseudarthrobacter Sin embargo, sus valores de identidad de nucleótidos y aminoácidos estaban por debajo del umbral de especie. Se identificaron las principales vías metabólicas y 64 islas genómicas asociadas con la defensa contra el estrés y la adaptación ambiental, como genes de resistencia a metales pesados. El análisis AntiSMASH predijo seis BGC con baja o nula similitud con clústeres conocidos, lo que sugiere su potencial como nuevos productos naturales. Estos hallazgos indican que la cepa So.54 podría ser una nueva especie de Pseudarthrobacter con una importante adaptación ambiental y potencial biotecnológico.
Tipo de Recurso	artículo original
Description	extreme environments microorganisms adaptation whole genome bioactive compounds
doi	10.3390/biom15040534
Formato Recurso	pdf
Palabras Claves	BIOSYNTHESIS MICROORGANISMS SURVIVAL ARTHROBACTER GLUTATHIONE RESPONSES STRATEGY PRODUCTS REVEALS CLUSTER
Ubicación del archivo	http://dx.doi.org/10.3390/biom15040534
Materias	BIOSYNTHESIS MICROORGANISMS SURVIVAL ARTHROBACTER GLUTATHIONE RESPONSES STRATEGY PRODUCTS REVEALS CLUSTER
Disciplinas de la OCDE	Biotecnología Ambiental Microbiología Biología Molecular
Versión del recurso (Recomendado-único)	versión publicada
Tipo de ruta	dorada verde
Access Rights	acceso abierto
Derechos de acceso	acceso abierto
Id de Web of Science	WOS:001489814600001
Título de la cita (Recomendado-único)	Genome Mining of Pseudarthrobacter sp. So.54, a Rhizospheric Bacteria from Colobanthus quitensis Antarctic Plant
Identificador del recurso (Mandatado-único)	artículo original
Editorial	MDPI
Revista/Libro	BIOMOLECULES
Categoría WOS	Biochemistry & Molecular Biology
Idioma	en
License	CC BY 4.0
Condición de la licencia (Recomendado-repetible)	CC BY 4.0
Entidad financiadora	Agencia Nacional de Investigacion y Desarrollo (ANID) Chile#FONDECYT(Comision Nacional de Investigacion Cientifica y Tecnologica (CONICYT)CONICYT FONDECYT)#Instituto Antartico Chileno (INACH)
Referencia del Financiador (Mandatado si es aplicable-repetible)	Agencia Nacional de Investigacion y Desarrollo (ANID) Chile FONDECYT [1210563, 21240305] Instituto Antartico Chileno (INACH) [RG_07_24]
Formato	pdf