Repositorio
Institucional

Campos-Vargas, Reinaldo

Balic, Ivan

Vizoso, Paula

Nilo-Poyanco, Ricardo

Sanhueza, Dayan

Olmedo, Patricio

Sepulveda, Pablo

Arriagada, Cesar

Defilippi, Bruno G.

Meneses, Claudio

Transcriptome analysis during ripening of table grape berry cv. Thompson Seedless

PUBLIC LIBRARY SCIENCE

PLOS ONE

en

Ripening is one of the key processes associated with the development of major organoleptic characteristics of the fruit. This process has been extensively characterized in climacteric fruit, in contrast with non-climacteric fruit such as grape, where the process is less understood. With the aim of studying changes in gene expression during ripening of non-climacteric fruit, an Illumina based RNA-Seq transcriptome analysis was performed on four developmental stages, between veraison and harvest, on table grapes berries cv Thompson Seedless. Functional analysis showed a transcriptional increase in genes related with degradation processes of chlorophyll, lipids, macromolecules recycling and nucleosomes organization, accompanied by a decrease in genes related with chloroplasts integrity and amino acid synthesis pathways. It was possible to identify several processes described during leaf senescence, particularly close to harvest. Before this point, the results suggest a high transcriptional activity associated with the regulation of gene expression, cytoskeletal organization and cell wall metabolism, which can be related to growth of berries and firmness loss characteristic to this stage of development. This high metabolic activity could be associated with an increase in the transcription of genes related with glycolysis and respiration, unexpected for a non-climacteric fruit ripening.

La maduración es uno de los procesos clave asociados al desarrollo de las principales características organolépticas de la fruta. Este proceso se ha caracterizado ampliamente en frutas climatéricas, a diferencia de frutas no climatéricas como la uva, donde se comprende menos. Con el objetivo de estudiar los cambios en la expresión génica durante la maduración de frutas no climatéricas, se realizó un análisis del transcriptoma de ARN-Seq basado en Illumina en cuatro etapas de desarrollo, entre el envero y la cosecha, en bayas de uva de mesa cv. Thompson Seedless. El análisis funcional mostró un aumento transcripcional en genes relacionados con los procesos de degradación de la clorofila, lípidos, reciclaje de macromoléculas y organización de nucleosomas, acompañado de una disminución en genes relacionados con la integridad de los cloroplastos y las vías de síntesis de aminoácidos. Se identificaron varios procesos descritos durante la senescencia foliar, particularmente cerca de la cosecha. Antes de este punto, los resultados sugieren una alta actividad transcripcional asociada con la regulación de la expresión génica, la organización del citoesqueleto y el metabolismo de la pared celular, lo cual puede estar relacionado con el crecimiento de las bayas y la pérdida de firmeza característica de esta etapa de desarrollo. Esta elevada actividad metabólica podría estar asociada a un aumento en la transcripción de genes relacionados con la glucólisis y la respiración, inesperado para una maduración de fruto no climatérica.

Artículo original

Este trabajo fue financiado por los proyectos Fondecyt 1150492 (RC) y Fondecyt 3150538 (16). Ambos autores contribuyeron a la conceptualización, formulación, dirección y preparación del manuscrito de este trabajo.

This work was supported by projects Fondecyt 1150492 (RC) and Fondecyt 3150538 (16). Both authors contributed in the conceptualization, formulations, leadership and preparation of the manuscript of this work.

10.1371/journal.pone.0190087

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Multidisciplinary Sciences

Viticulura

Biología Molecular

Botánica

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dorada

verde

acceso abierto

acceso abierto

WOS:000419689600031

Transcriptome analysis during ripening of table grape berry cv. Thompson Seedless

Artículo original

PUBLIC LIBRARY SCIENCE

PLOS ONE

Ciencias Multidisciplinarias

1932-6203

en

ANID FONDECYT 1150492

ANID FONDECYT 3150538

This work was supported by projects Fondecyt 1150492 (RC) and Fondecyt 3150538 (16). Both authors contributed in the conceptualization, formulations, leadership and preparation of the manuscript of this work.

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CC BY 4.0

ANID FONDECYT 1150492#ANID FONDECYT 3150538